El Hospital General de Asunción costará casi G. 192.000 millones (US$ 24 millones) más que el Gran Hospital del Sur, según un análisis de las adjudicaciones del Ministerio de Obras Públicas. Este sobrecosto es notable aunque la superficie del nuevo hospital en la capital es casi igual a la del hospital en Itapúa.
El 13 de septiembre de 2021, bajo la gestión de Arnoldo Wiens y el gobierno de Mario Abdo Benítez, el MOPC asignó el diseño y construcción del Gran Hospital del Sur al Consorcio Hospitalario del Sur. La obra debía cubrir 39.411 metros cuadrados y su costo original fue de G. 209.994 millones (US$ 33 millones), que con ajustes llegó a G. 275.493 millones (US$ 39 millones).
El 24 de julio de 2025, con Claudia Centurión y Santiago Peña al frente, el MOPC adjudicó el diseño, construcción y mantenimiento del Hospital General de Asunción por G. 466.945 millones (US$ 63 millones) al Consorcio GHA. Aunque la superficie del hospital de Asunción es de 38.642 metros cuadrados, el costo es G. 192.000 millones (US$ 24 millones) más que el del Gran Hospital del Sur, a pesar de contar con una superficie menor.
Para el hospital de Asunción, la única diferencia es el mantenimiento, cuyo costo de referencia era de G. 8.448 millones. Los precios referenciales para ambos hospitales fueron distintos. El Gran Hospital del Sur tenía un costo estimado de G. 348.269 millones (US$ 56 millones), pero se adjudicó por G. 209.994 millones (US$ 33 millones), 22 millones de dólares menos. En contraste, el costo estimado para el hospital de Asunción era de G. 368.778 millones (US$ 49 millones), pero se adjudicó por G. 466.945 millones (US$ 63 millones), superando el presupuesto en G. 98.167 millones (US$ 13 millones), un sobreprecio del 26,6%.
Aunque ambos hospitales tienen superficies similares, hay pequeñas diferencias en obras complementarias, como una planta de tratamiento de residuos y equipos para quirófano y hemodiálisis. La DNCP está investigando este proceso y ha suspendido la adjudicación.
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