Durante la conferencia de prensa de la Superintendencia de Salud sobre el operativo «Ñemboty», donde cerraron alrededor de 45 clínicas irregulares, se generó un conflicto entre Roberto Melgarejo y el diputado Guillermo Rodríguez. El Círculo Paraguayo de Médicos respondió pidiendo la destitución de Melgarejo y reiteró su denuncia ante la Fiscalía contra el Superintendente de Salud.
El Círculo insistió en su acusación previa de que Melgarejo presentó certificaciones presuntamente falsas para obtener su cargo, mostrando una carga horaria que no coincide con otros documentos oficiales. También argumentaron que el nombramiento de Melgarejo fue ilegal, ya que fue designado interino por decreto presidencial, contraviniendo la Ley N.° 2319/2006. Esta ley estipula que solo el Comité Ejecutivo del Consejo Nacional de Salud puede nombrar interinos hasta la conclusión del concurso público.
El gremio solicitó al Presidente de la República y a la Ministra de Salud que restablezcan la legalidad en la Superintendencia de Salud y combatan la corrupción estructural que afecta la salud pública en Paraguay.
Durante la conferencia, Rodríguez cuestionó la ética de Melgarejo mostrando una denuncia del Círculo sobre documentos supuestamente falsos. Melgarejo respondió calificándolo de mentiroso y afirmó que la Fiscalía ya había desestimado la causa. La conferencia fue suspendida y se trasladó a su despacho, donde el diputado no fue permitido ingresar.
El comunicado del gremio médico recalcó que Melgarejo fue descalificado del concurso por fraude y que su permanencia como interino es sostenida políticamente, lo cual representa una doble irregularidad.